省水科院的前身是湖南省水利電力科學研究所，1960年1月經省編委同意成立湖南省水利電力科學研究所，同時建立黨支部。該所受省科委、電力局雙重領導。當年6月，又將省電力工業(yè)局所屬的水文總站并入該所領導，所內設水利室、電力室和水文室。至1960年，全所有職工431人。該所于1961年9月撤銷，大部分人員并入省水利電力設計院。1964年3月，省水利電力廳報經省編委同意恢復省水利電力科學研究所，同時建立黨支部。定事業(yè)編制50人，當年恢復和興建了6個灌溉試驗站。1965年與省農業(yè)科學研究所配合，建立了長沙中心灌溉試驗站，進行水稻所需水量、水溫、曬田等項試驗，還對地、縣灌溉試驗進行了指導。1966年“文化大革命”開始后，該所工作癱瘓，于1970年8月再次裁撤。1978年4月，中共湖南省委組織部發(fā)文批準設立省水利電力科學研究所，屬省水利電力局領導，1981年5月恢復湖南省水利電力科學研究所黨支部。1983年更名為省水利水電科學研究所，1994年3月合并到省水利水電勘測設計研究總院，保留省水科所名稱和縣處級別，仍由財政按差額事業(yè)單位下?lián)芙涃M。1994年4月成立湖南省水利水電科學研究所黨總支。2014年從省水利水電勘測設計研究總院分離，并恢復編制。2017年1月更名湖南省水利水電科學研究院，2018年6月成立湖南省水利水電科學研究院黨委。
黨組織沿革及領導人名錄
黨支部
書記劉伯芳（1960.1～1961.9）
書記趙尚德（1964.3～1970.8）
書記黃天相（1981.1～1985.4）
副書記崔潔（1981.1～1983.12）
書記雷世達（1985.5～1991.9）
副書記高鏡波（1986.2～1994.3）
書記羅光裕（1992.3～1994.2）
黨總支
書記王積建（1994.4～1997.3）
書記劉庶華（1997.6～2000.10）
書記胡學良（2000.10～2003. 3）
書記朱幸平（2003.3～2006.7）
書記張 魁（2006.7～2008.2.）
書記劉思源（2008.2～2017.10）
黨委
書記伍佑倫（2017.10 ～2024.1）
書記 楊銘威（2024.1～至今）
行政組織沿革及領導人名錄
所長劉伯芳（1960.1～1961.9）
所長趙尚德（1964.3～1970.8）
所長（缺）
副所長黃天相(1980.9～1985.4)
崔潔（1981.1～1983.12）
陶景行（1983.12～1994.10）
所長雷世達（1985.5～1991.9）
副所長高鏡波（1986.2～1991.9)
劉佩亞（1991.9～1994.2）
陶景行（1985.5～1991.9）
所長羅光裕(1992.3～1994.2)
副所長高鏡波（1991.9～1994.2）
陶景行（1991.9～1994.10）
所長（缺）
副所長劉佩亞（1994.2～1995.10）
王積建（1994.2～1995.10）
劉思源（1994.9～1995.10）
所長劉佩亞（1995.10～1996.6）
副所長王積建（1995.10～1996.6）
劉思源（1995.10～1996.6）
所長（缺）
副所長王積建（1996.6～1997.3）
劉思源（1996.6～1997.3）
所長劉庶華（1997.4～2000.10）
副所長劉思源（1997.3～2000.10）
所長胡學良（2000.10～2003. 3）
副所長劉思源（2000.10～2003.3）
所長朱幸平（2003.3～2006.7）
副所長劉思源（2003.3～2006.7）
羅繼鳴（2004.1～2006.7）
所長張魁（2006.7～2008.2）
副所長劉思源（2006.7～2008.2）
羅繼鳴（2006.7～2008.2）
所長劉思源（2008.2～2017.10）
副所長羅繼鳴（2008.2～2010. 12）
蔣春艷（2010.4～2013.12）
仇學明（2011.5～2017. 10）
田大作（2011.5～2017. 10）
尹黎明（2013.12～2017. 12）
院長伍佑倫（2017.10～2024.1）
副院長田大作（2017.10～2019.12）
李浩文（2017.12～2024.1）
仇學明（2017.10～2018. 2）
宋子龍（2019.12～2024.1）
紀煒之（2019.12-2024.1）
工會主席 黃年豐（2019.12～2023.7）
工會主席 江寧（2023.11～2024.1）
總工程師 李桂元（2017.10～2019. 12）
總工程師 盛東（2019.12～2024.1）
院長 楊銘威（2024.1～ ）
副院長 李浩文（2024.1～ ）
宋子龍（2024.1～ ）
紀煒之（2024.1-2024.12）
工會主席 江寧（2024.1～ ）
總工程師 盛東（2024.1～ ）